La Comisión Académica Interuniversitaria es el órgano director del programa. Está formada por ocho doctores que representan las cinco universidades participantes. Sus principales funciones son:
- seleccionar y proponer la admisión de los doctorandos
- asignar tutor y director a cada doctorando
- autorizar codirrecciones
- autorizar dedicaciones a tiempo parcial
- asegurar el adecuado desarrollo de las actividades formativas dentro del programa
- evaluar los progresos del doctorando (tanto en cuanto a la realización de las actividades formativas, como en lo que se refiere al adecuado desarrollo del plan de investigación)
- autorizar estancias de los doctorandos en otros centros de investigación, nacionales o extranjeros
- autorizar la defensa de la tesis doctoral
- proponer el tribunal que ha de juzgar la tesis doctoral
- etc.
En la actualidad, la Comisión Académica Interuniversitaria está compuesta por los doctores relacionados a continuación.